El Rojo debutó en el torneo de la Primera B Nacional 2013-14 con una derrota por 1-2 en su propia cancha ante Brown de Adrogué, equipo recién ascendido desde tercera división. El mismo comenzó con una recha negativa que, en primera instancia, alejó a Independiente del ascenso, desencadenando un nuevo clima de crisis, manifestaciones de hinchas contra los dirigentes, y la renuncia del presidente Cantero, quedando su cargo en manos de un interinato.