↑ «Ciudad Deportiva Luis del Sol». El 20 de octubre marcó un doblete en la octava victoria seguida del Bayern tras ganar por 5-0 al Fortuna Düsseldorf. Müller inició la temporada 2012-13 anotando el segundo gol de su equipo en la victoria 2-1 por la Supercopa Alemana el 12 de agosto de 2012, eventualmente dándole el título al Bayern de Múnich. En su primer partido por la temporada regular de la Bundesliga, el 25 de agosto de 2012, camiseta entreno barça volvió a anotar en la victoria 3-0 ante el recientemente ascendido Greuther Fürth.